Već nekoliko godina predstavlja bedem ispred svih ekipa za koje igra, a ima samo 25 godina.
Džon Stouns rođen je 28. maja 1994. godine u Barnsliju i prošao je sve omladinske kategorije ovog kluba sa kojim je potpisao prvi profesionalni ugovor u decembru 2011. godine. Prvi nastup za seniorski tim imao je u porazu od Ridinga kada je u 52. minutu utakmice zamijenio Skota Vajsmana. Prvi i jedini gol za Barnsli, Stouns je upisao na prvoj utakmici u kojoj je bio starter, a to je bio meč u okviru Liga kupa, koji je Barnsli igrao u gostima sa Ročdejlom, a Stouns je postigao gol za izjednačenje, pred kraj prvog poluvremena.
Poslije dvije sezone igranja za Barnsli i 24 utakmice u Premijer ligi potpisao je ugovor na četiri i po godine sa Evertonom 31. januara 2013. godine. Debitantski nastup imao je na utakmici protiv Stivendža, u okviru drugog kola Liga kupa. Debi u Premijer ligi imao je septembra 2013. godine, kada je ušao na teren umjesto Stivena Nejsmita, u pobjedi nad Čelzijem. Prvi nastup kao starter, Stouns je zabilježio protiv Stouka prvog dana u 2014. godini.
Novi petogodišnji ugovor sa Evertonom, Stouns je potpiso 7. avgusta 2014. godine i imao sedmičnu platu od 30.000 funti. Na utakmici sa Mančester Junajtedom, 5. oktobra 2014. doživio je povredu članka, koja ga je udaljila sa terena između tri mjeseca , ali je bio nominovan za nagradu Zlatni dečko zajedno sa Žerardom Deulofeuom, Lukom Šouom i igračem koji je tu nagradu osvojio Rahimom Sterlingom. Dobre partije u ekipi sa Gudison parka privukle su pažnju mnogo bogatijih timova, a tokom 2015. najviše je zagrizao Čelzi čije su sve tri ponude odbijene da bi on u avgustu zatražio dozvolu za napuštanje kluba, međutim, i ona je odbijena.
Ipak, avgusta iduće godine Everton nije mogao da odbije ponudu Mančester Sitija koji doveo Stounsa za 47,5 miliona funti i ugovor potpisao na šest godina dok je on za “karamele” odigrao 77 mečeva i dao jedan gol u Premijer ligi. Ovim transferom, Stouns je postao drugi najskuplji odbrambeni fudbaler u istoriji, odmah iza Čelzijevog Davida Luiza. Zanimljivo je da je Stounsov nekadašnji klub Barnsli od ovog transfera zaradio 6,78 miliona funti, brojka veća nego bilo koja koju je Barnsli uspio da zaradi od prodaje nekog fudbalera. Prvi nastup u novom klubu upisao je 13. avgusta protiv Sanderlenda, da bi prvi gol dao protiv Vest Hema u trećem kolu FA kupa.
Poslije nastupa za U19, U20 i U21 reprezentaciju Engleske prvi nastup za seniorsku ekipu zabilježio je 30. maja 2014. godine na Vembliju, kada je u posljednjih 15 minuta prijateljske utakmice sa Peruom zamijenio svog tadašnjeg saigrača Lejtona Bejnsa. Do sada je odigrao 38 mečeva i dao dva gola, oba na utakmici Svjetskog prvenstva u Rusiji prošle godine protiv Paname 24. juna.
