Povratak u matični klub za ovog desnog beka bio je potez karijere jer igra najbolji fudbal od kada je stupio na veliku scenu. Ipak put do seniorskog sastava omiljenog kluba nije bio lagan i morao je zaobilaznicom da dođe do dresa dok će uskoro ponijeti i kapitensku traku.
Filip Stojković rođen je 11. januara 1993. godine u Ćupriji i karijeru je započeo u Crvenoj Zvezdi čije boje sada brani. Od 2006. do 2011. bio je dio svih omladinskih selekcija i sa “crveno-bijelima” osvojio je šampionsku titulu u Srbiji sa sadašnjim trenerom Vladanom Milojevićem. Prvi profesionalni ugovor sa klubom potpisao je 16. juna 2009. mada se nije naigrao. Debitovao je kod trenera Roberta Prosinečkog, ali se nije ustalio u timu pa je nekoliko puta slat na pozajmice. Tako je od 2009. do 2011. nastupao za Sopot u kojem je odigrao 44 utakmice, a potom je jedan dio 2012. proveo u Banatu gdje je zabilježio 11 nastupa. Uslijedila je pozajmica u Čukarički pa je tokom 2012/13 odigrao 14 mečeva za tima sa Banovog brda koji ga je na kraju te sezone otkupio od Zvezde koja nije polagala mnogo nade u njega.
Stojković je u Čuku prešao i zbog trenera Milojevića koji je tada vodio ekipu te je postao jedan od najstandardnijih igrač ekipe sa kojom je 2015. osvojio Kup Srbije. Dvije godine zaredom bio je uvršten u idealni tim Superlige Srbije (2015, 2016). Tokom tri sezone u Čukaričkom odigrao je 89 utakmica i dao jedan gol. Uslijedio je rastanak sa ekipom i odlazak u inostranstvo, a izbor je pao na njemački Minhen 1860 sa kojim je potpisao višegodišnji ugovor. Sa popularnim “zehcigerima” nije uspio da sačuva status u Cvajti i ispao je u treću ligu da bi ih Fudbalski savez Njemačke izbacio u peti rang takmičenja, a samim tim Stojković je postao slobodan igrač dok je odigrao samo osam mečeva za Minhen.
Kada je Milojević prošlog ljeta imenovan za trenera Zvezde, a Stojković postao slobodan igrač jasno je postalo da će on najvjerovatnije stići na Marakanu. To se i obistinilo pa se popularni Žule vratio u svoje jato. Ove sezone jedan je od najboljih fudbalera Zvezde na domaćoj, a pogotovo evropskoj sceni gdje su “crveno-bijeli” nakon četiri kola kvalifikacija izborili grupnu fazu Lige Evrope i stigli do šesnaestine finala gdje ih je eliminisao moskovski CSKA.
U mlađim kategorijama igrao je za reprezentaciju Srbije i sa ekipom do 19 godina nastupao na Evropskom prvenstvu 2012. godine u Estoniji, a sa timom do 21 godine na EP u Češkoj 2015. Tokom 2016. godine prihvatio je poziv selekcije Crne Gore da igra za njih i postao je reprezentativac “sokolova”.
