Poslije 11 godina vratio se na klupu Partizana sa koje je otpušten nakon četvrtfinalnog meča Lige Šampiona 1998. sa Olimpijakosom pa je ostao bez nastupa na Fajnal foru. To nisu bili prvi veliki trenerski rezultati Miroslava Mute Nikolića koji se kao trener dokazao u BFC-u iz Beočina sa kojim je stigao do finala plej-ofa prvenstva Srbije, ali su “crno-bijeli” bili prejaki za njegovu ekipu koja je vodila sa 2:0 u pobjedama, ali nije izdržala.
To ga je preporučilo Partizanu kojeg je vodio nepune dvije sezone da bi potom preuzeo Budućnost koja tada nije žalila pare i započela je projekat evropskog kluba i dovodila je veoma skupa pojačanja. Stigao je do polufinala Kupa Rajmonda Saporte, ali je poražen od Benetona kojeg je vodio Željko Obradović. U Podgorici je proveo dvije godine da bi zatim sjeo na klupu Crvene Zvezde koju je vodio u dva navrata, a imao je još epizode u beogradskom Radničkom, Vojvodini, Budućnosti da bi sa Hemofarmom pravio sjajne rezultate. Samo je dva puta radio u inostranstvu i to 2003/04 u Apolonu iz Patera kao i 2008/09 u Avtodoru iz Saratova.
Najduže vremena proveo je na klupi Radničkog iz Kragujevca, čak šest sezona koji se u trenutku njegovog preuzimanja zvao Lajons i nalazio u Vršcu. Imao je dvogodišnju pauzu u radu sa klubovima i prošle sezone bio je strateg beogradskog Dinamika sa Dorćola da bi tokom ljeta došao u Partizan. Poznat je po radu sa mladim igračima. Zna da napravi dobar skauting i od talentovanog dječaka stvori vrhunskog igrača što je pokazivao u svim klubovima gdje je radio, a trenirao je košarkaše poput Milenka Topića, Vladimira Kuzmanovića, Dragan Lukovskog, Predraga Drobnjaka, Dejana Tomaševića, Stefana Mrakovića, Milana Mačvana, Bobana Marjanovića, Luke Mitrovića, Stefana Jovića…
Osim po stručnom radu poznat je kao trener koji pravi vrhunsku atmosferu u ekipi pa je član stručnog štaba repezentacije SR Jugoslavije postao 1996. godine kada ga je angažovao Obradović i tu ostao nekoliko sezona da bi ga potom u svoj stručni štab doveo i njegov nekadašnji igrač Aleksandar Đorđević.
Tokom godina Muta je postao nezamjenjljiv i originalan lik u srpskoj košarci te su mnoge anegdote vezane za njega. Poznato je da se voli kladiti sa igračima iz reprezentacije u šutiranju trojki sa pola terena i u velikoj većini slučajeva pobjeđuje iako je aktivnu karijeru završio još 1990. godine. Ipak, jednom je izgubio i to 1996. godine tokom priprema za Olimpijske igre u Atlanti od Nikole Lončara. Legenda kaže da su se njih dvojica kladili u 1000 njemačkih maraka. Muta je pogodio četiri trojke, a Lončar svih pet. Poznato je i njegovo prijateljstvo sa Bogdanom Bogdanovićem, ali je odbio njegov poziv da mu bude lični trener u Sakramento Kingsima za koje nastupa od ove sezone.
Mnogo je i medalja skupio kao glavni i pomoćni trener. Tri puta je osvojio prvenstvo Jugoslavije, dok je kao selektor reprezentacije SCG bio najbolji na Evropskom šampionatu do 20 godina i Svjetskom prvenstvu iduće godine za košarkaše starosti do 19 godina. Kao pomoćnik u nacionalnom timu ima dva zlata sa EP (1997) i SP (1998), četiri srebra, dva sa Olimpijskih igara (1996, 2016) i po jedno sa SP (2014) i EP (2017).
